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设立训练司后，刘宣禁止各营各哨随便招兵，以后招兵，训练新兵就由训练司负责。
这样一来，就减少了各营营官哨长扩充实力的权利，也能很好的避免各级带兵官军阀化的倾向。
刘宣设立训练司，并没有引起全军的反对，这在明军中几乎是不可想象的。其中最主要的原因就是这支军队是刘宣一手创造的，他不仅赏罚公平，还身先士卒与士卒同甘共苦，他在这支军队的威望极为崇高。无论是张虎成，还是李旭升，在这支军队的威望还远不如创始人刘宣。
所以刘宣执意推行新的制度，尽管营官们心中都有些不乐意，觉得刘宣减少了他们的权利。但是这一路过来，刘宣每一次的决策都无比正确，他将这些吃不饱饭的流民，等待砍头的强盗改造成为威震朝廷的义军。不到一年时间，他们这些苟延残喘之辈，就能攻破延安城。
这一次次胜利，无论是刘宣麾下的营官哨长，还是底层的普通小兵，都将刘宣视若神明。靠着这种极大地威望，刘宣成功的推行了这种制度，从各级带兵官中收回了部分权利。
至于刘宣最想建立的参谋制度，因为没有合格的参谋，刘宣前世也不是参谋出身，对于参谋的业务也不算了解，所以没有随便拿来使用，只是从全军中挑选识字的士兵担任参军，带到身边让他们学习指挥作战的本领。等以后有了一定的基础，再建立这种先进的制度。
成立训练司后，刘宣马上成立后勤司，以最早投降的童生孙登担任司长，李旭通、周建、种乡绅担任副司长。因为后勤司每天的事物非常繁多，靠司长一个人也不可能忙过来，于是刘宣设立也三个副司长分工协作。其中司长孙登统筹全局，副司长李旭升掌管金银，副司长周建掌管粮食，副司长种乡绅掌管棉衣，武备等杂事。
就连刘宣非常重视的弓匠营，也被从新改名武备司，武备司主要打造各种兵器铠甲，尤其是现在当务之急，更是主要研究火炮，火铳的制造原理，为刘宣打造出合格的武器。因为武备司的人数比较少，规模还不算大，加上刘宣现在缺乏优秀的人才，所以这个武备司的司长暂时由他兼任。
不适合打造兵器的工匠，被刘宣编为匠作坊，一并交给后勤司管理。
为了能够让全军将士重视军法，刘宣还设立了军法司负责考核将士的军纪。在各支军队的军法官，也从直属长官处剥离开来，归总部军法司掌管。从此以后，无论是士卒想要成为军官，还是军官想要提拔，都需要所在部队军法官附议签名。临阵之时，军法司的士兵负责担任督战队，镇压敢于临阵而逃的士兵。
这样一来，军法司司长的权利已经不小，哪怕是关于营官一级军官的任命，军法司司长也已经有了一定的否决权利，这一个职位也变得非常重要。刘宣思前想后，还是没有合适的人选，最后只好由自己亲自兼任。