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第三团的团统制暂由都统制焦琏直领，同样第四团的团统制由副都统制吴继嗣直领，等有了合适人选，再行调用。
侍卫亲军陆师中除了四个野战兵团，剩余两个宫城护卫营的统领官分别是在清远救援行动中立有大功的新军人才卢世仁和原葡萄牙雇佣军华人首领杰西。朱由榔特意给杰西的护卫营拨了些好苗子过去，学习雇佣军先进的火炮发射技术。
除了陆师的四团，二独立营，一万四千兵马，侍卫亲军中还有两个水师团，共计五千五百余人，大多是从余龙的一万多旧部中精挑细选出来的，在余龙的水师义勇中以疍户船民出身的水手最为强悍，那些水手原先做船民时，靠海吃饭，以船为家，几乎一辈子不上岸，吃住全在船上，虽然体味重，但鉴于这一原因使得他们能够完全习惯于水上的颠簸，即便遇到狂风大浪也可以安之若素，不晕也不吐。这些疍户船民只要训练好了必将成为极为出色的水手。
而且对朱由榔最有利的一点是，疍户的身份，疍户在大明世代都是贱民，隶属于贱籍，子孙后代永世不可科考，社会地位极其低下，远不如普通良民，所以在知道水师部队中有很多疍户船民出身的水手时，朱由榔大笔一挥，将他们全都勾出贱籍，改为良籍，全军待遇等同侍卫亲军陆师营兵，且子孙可以科考从军，不再被人看不起，皇帝此举让那些疍户船民出身的水手极为感动，他们痛哭流涕，感激涕淋，纷纷叩谢皇恩浩荡。就这样，朱由榔不费一钱一爵，就尽收了水师营兵的军心，以后就是余龙想反叛，也要看那些疍户出身的手下答不答应了。
水师部队中除了收编的余龙旧部，还有部分投诚的精通水战的清军水师俘虏，外加部分原行在的京营水师营兵。
因为人数不够设军建镇，所以暂时两团并列，昭毅将军余龙为水师部队首领官，直领第一团，副手高利勋直领第二团，两个水师团共有大小战船六百余艘（以小型舢板船为主），大小火炮一百余门（以小型虎蹲炮为主），实力还算不错。
综上，侍卫亲军水陆两师总兵力共计约两万，陆师目前的野战实力大致是高于明军的地方军阀部队和普通的清军绿营兵，低于李成栋的嫡系本部，吴三桂和三顺王的本部汉奸军，和满洲八旗的实力差距更大，暂时一两年内，在新军未得到足够的锻炼前，在军械装备没有代差的前提下，基本不具备和征战了十几年的满洲八旗老卒在平原野战的能力，当然，要是他们在几年内慢慢腐化了，就难说了。
朱由榔觉得只有客观的认清敌我实力对比，才能趋利避害，制定出最合理的战略方案。
除了皇帝直辖的侍卫亲军，中枢在广西和广东控制区内还有约两万人左右的巡防营，巡防营军士的成分比较复杂，有投诚的清军绿营兵俘虏，有陆续收编的各地义勇及筛选侍卫亲军时因为身体素质或品行不过关淘汰下来又无家可归的（以余龙旧部为主），还有广西驯象卫，南丹卫，奉议卫和桂林卫等残余的卫所兵及部分应召戍守广西各地的土司狼兵，总人数在两千到三千左右。
这些土司狼兵都是各地土司的部曲，对大明来说属于客军，他们大体比较实诚，而且向来以不畏强敌，英勇善战而著称，只是军纪太差，成分复杂，难堪大用，巡防营中除了这两三千的土司狼兵有些战力外，其他基本都是战五渣，别说和清军主力野战了，能不能守城都难说。
目前重点在侍卫亲军，所以巡防营暂时用的还是旧有的一套营兵制，直属于五军都督府，听从兵部调遣，职责是剿匪安民，守卫地方，维护治安等，必要时可抽调出部分人马随侍卫亲军一同作战，炮灰也有炮灰的用处，轻易缺少不得，可以用来蚁附攻城，清除敌方外围工事，填壕，拔桩等，还可以布置疑兵，吸引敌方火力，消耗他们的体力和器械等，这些事儿让巡防营士卒来做，正适合不过，若让侍卫亲军来做，那真是杀鸡用牛刀了，也实在不划算。
五月中旬的一个午后，大明临都肇庆城东军营的演武场。
朱由榔今日换了一身武牟服，此为十四种皇帝之服的一种，例在皇帝讲武、出征、搜狩及阅兵时穿戴，其冠支以玉，上身裹以紫褐束身紧衫，下系白骻素裳，足蹬乌皮履，腰系珠宝钿带，身侧挂着一柄古色斑斓的龙泉宝剑，站在演武场的高台之上，朱由榔本来就容貌俊秀，再配上这身戎装，愈发显得英气逼人。
演武场四周插满了彩旗，高台之下，上万侍卫亲军身着鲜艳火红的鸳鸯战袄，以方队的形式整齐排列着，微风吹过，旌旗猎猎，彩旗飘飘。
朱由榔对站在他身边的正副都统制焦琏、吴继嗣和兵部尚书，内阁首辅翟式耜道：“这几日整编，梳理侍卫亲军和巡防营，几位爱卿辛苦了。”