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的管理和训练；国防部，负责人事、后勤、兵籍等事务；军工部，负责军队武器的生产管理、研发等。
在天圣帝的要求下，保留监军的作用，设立监军部。团级以上军事单位，设置监军一职，领导一个小组，和军事主官平级。监军不能干涉军事指挥和日常军事管理，但有知情权、建议权；负责士兵的思想文化建设等。监军的人选将来在军校中培养，或从军队中选拔。
以上改革，除了监军外，就是把原来的兵部肢解，权力集中到皇帝手上，这样避免兵部和皇帝互相抢夺军权造成内耗。
在大明，文官压制武将，中下层武将，往往没有实际的决策权。若不是洋人将明军打得丢盔卸甲，像朱易彬这样的武将，拿不到几十万大军的指挥权。
在这几次大战中，兵部的实权早被削弱，比如驱夷军，根本不受兵部管理，一切是朱悟?说了算。
都督府顶层设计好后，经朱悟?推荐，天圣帝任命朱易彬为参谋部大臣，曹行彰为陆军大臣，海军大臣仍是蓝天洋，国防大臣是陈奇，军工大臣和监军大臣由朱悟?兼任。
军工和监军是改革的重要内容，朱悟?不放心交给别人。
军队编制方面，大明陆海军将分为四部分，一是作战部队，二是守备部队，三是支援兵部队，四是预备役部队。
军工体系建好后，大明的陆军将拥有多样化的武器和兵种，简单的步炮编制不太适合。
陆军的编制改为集团军、军、师、团、营、连、排、班，旅一级单位改为特殊部队编制和守备部队使用，原来的师级编辑进行缩编。
军是基本的战略级大兵团单位，可辖二到十个不同种类的师或其他部队。
集团军是最高等级战略作战单位，一般负责一个作战区域，统辖战区内的所有陆海部队。
海军的编制为联合舰队、舰队、分舰队、编队。编队是由多艘舰艇组成的最小单位，分舰队辖数个编队，舰队辖多个分舰队。编制较小的舰队，可直辖编队。
军衔方面，放弃大明的传统，改为帅、将、校、尉、士、兵六级，元帅是最高军衔，不区分陆海军。
将官依次为少将、中将、上将、大将。
校官依次为少校、中校、上校、大校。
尉官依次为少尉、中尉、上尉。
士官依次为下士、中士、上士。
士兵依次为列兵、二等兵、一等兵。
按军衔匹配，陆军方面，师长、副军长、师监军最低军衔为少将；军长、集团军副司令官、军监军最低军衔为中将；集团军司令官、集团军监军为上将及以上军衔。
海军方面，舰队司令官、舰队监军、舰队副司令官为少将、中将军衔。
军衔以军功论，军职晋升最多差距一个军衔，特殊情况除外。
国防建设方面，由国防部牵头，成立帝国陆海军大学、帝国国防科技大学，加大各类军官和技术兵种的培养。原京师军官训练营划归国防部管理，等军校成立后，将培养基础知识的工作交给军校，专注军官战术和作战经验的提升。
军工建设方面，朱悟?计划在沈州、京师、长安、锦城、武昌、金陵、珠江建立军工区，每一个军工区都能实现全军武器装备生产，并形成一条完整的产业链。
除了七大军工区，朱悟?还计划在旅大、沪城、闽州、粤州建设造船厂，未来根据实际情况，进行扩建或增建。
在朱悟?的规划中，建设的造船厂必须达到下饺子的能力。
为了有仿制和创新能力，朱悟?将成立陆海军研究院，负责军工厂或造船厂研发不了的项目或超前项目。
其他方面由各部大臣去计划，朱悟?的活太多。
大致的改革框架定好后，接下来是全国军队整编和基础作战单位的新规划，不过，与沙俄作战的部队暂时不做调整，免得影响战斗力。