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一部分科研能力，与兵工厂建立合作关系。此部门负责人由兵部副尚书成俊负责管理。
陆海军伤亡抚恤管理总部则负责管理招募、士兵伤亡、退役、军医院、阵亡抚恤等工作，是工作量巨大极其繁重的部门，同时因为直接管理资金，也非常容易出事，负责人为王兵。
在二级部门参谋总部下辖陆军部与海军部两大作战三级部门，分别为陆军衙门与海军衙门。
陆军衙门由陆军司令部、陆军后勤总局、陆军装备总局、士气训练局、陆军采购局、陆军审计局、陆军人事管理局、陆军军史管理局、八大战区司令部、陆军运输司令部、边防军司令部等四级机构组成。
海军衙门由海军司令部、海军后勤总局、海军装备总局、海军士气训练局、海军采购局、海军审计局、海军人事管理局、海军军史管理局、岸防司令部、内河舰队司令部等四级机构组成。
其中陆军衙门又被称为陆军部，负责人称为陆军总长，曹跃委任聂嘉担任陆军总长兼陆军司令，而海军总长由叶祖珪担任，萨镇冰担任海军司令，刘冠雄担任北洋舰队司令，蔡廷干担任南洋舰队司令，林国祥担任太平洋舰队司令，李准担任远洋舰队司令。
很快，曹跃的奏折得到批复——自己批准自己，兵部施行有史以来最大的改革，许多衙门被裁撤，但同时又建立起更多的衙门，投入的资金也是非常巨大的，这一切都是建立在现代化军事需要的基础上。而在未来曹跃还将要建立空军衙门和天军（战略导弹）衙门成为参谋总部下辖的三级部门，丰富作战方式与内容。
当然，曹跃现在如果贸然提出建立空军和天军，恐怕不知道有多少人会骂他是疯子。
由于聂嘉被委任为陆军司令兼陆军总长，原本他负责的69集团军将由张云山负责，张云山是陕西武备学堂第一期学员，是很多人的老同学，由他负责虽然在能力上不如聂嘉，但在资历上却没的说。
而曹跃此举的安排也是在冉东和聂嘉之间寻找一种平衡，陆海军总参谋长与陆军总长即是上下级，又是相互协作的关系，一方面掌握着行动权，一方面掌握着指挥权和财务大权。而制衡之术，就是王宇教给曹跃的一大心得体会，掌权者不必实施鞠亲，但却必须知人善用，可知人善用却又不能无以复加的给予重视，昔日大汉淮阴侯韩信便是刘邦赋予他权力过大，最终导致刘邦想要收回权力则必须采用铲除手下的方法，消灭韩信来回收权力。
臣子的权力大了，野心就会不自觉地滋生，臣子的权力小了，主子就会累死，更可能导致臣子不忠诚。王宇对曹跃的建议是，任何时候都要对手下记性支持与制约，在权力其中寻找平衡才是最重要的。
曹跃牢记这一点，并以王宇为自己的私人幕僚长，以杨度、辜鸿铭、虞立民、桑治平、梁鼎芬、杨士琦、钟起乾、吴之英、宋育仁、李经方、李经述、唐致尧、唐元湛等人组建文官智囊团，为其出谋划策，选拔优秀人才。
另外陈三针推荐的刘福姚在经过王宇的考察之后，发现此君刚正廉洁，不欺上媚下的官员，当然从坏了说他有一些自以为是刚愎自用，认准的事儿绝不回头。曹跃和他短暂的接触觉得这个人蛮好说话的，可是王宇和桑治平同时说，此人属于那种待人接物既有礼貌，但一旦在工作中就极其强硬的人。
曹跃自然也知道，其实很多人都是如此，这也是一种优点，只可惜官场之上除了认真做事，还需要妥协做人，恰恰刘福姚只会认真做事，不会妥协做人。对于他的安排，曹跃颇费了一番心思，首先令大理寺卿唐致尧为刘福姚一案重新翻案，发现诸多疑点，随后顺藤摸瓜找到了弹劾刘福姚的河南学政以及将其贬官的主谋刚毅。
只是刚毅如今已经处死，没收全部家产，便不了了之，而河南学政则遭到处罚，被六扇门缉捕捉拿，下狱重审，河南官场为之震动。在恢复了刘福姚的官员身份之后，曹跃以刘福姚蒙受不白之冤为名，委任刘福姚担任刑部右侍郎，而刑部左侍郎则由熊汝梅担任。
一系列人事调动与安排无不体现了曹跃的制衡之术，尽管尚且稚嫩，然而曹跃的曹党班底却越来越稳固了，张之洞已经逐渐被架空了权力。