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表示不服，袁崇焕于是列数毛文龙的十二条罪状，拿出尚方宝剑，将毛文龙斩杀。[32]
袁崇焕杀了毛文龙之后，害怕他的部下叛变，于是增加他们的饷银，但是岛上的人没有主帅，人心背离，难以使用，而后会导致叛离。袁崇焕上书给明廷：“东江镇是牵制敌人所必须依托的。现确定两协的编制，马军十营，步军五营，每年饷银四十二万，米十三万六千。”皇帝朱由检对兵员减少军饷却增加的事情感到疑虑，但是一看是袁崇焕奏请的，也就答应了他。[33]
己巳之变
崇祯二年（1629年）十一月，后金主皇太极举兵数十万分别进入龙井关、大安口，袁崇焕听闻后率领祖大寿、何可刚入关守卫，所经过的蓟州、抚宁、永平、迁安、丰润、玉田各城，都分兵留守。皇帝朱由检得知后非常高兴，下令嘉奖袁崇焕的部下，并让袁崇焕统领指挥各地援军。[34]
但不久之后，遵化、三屯营都被后金军攻破，赵率教也在遵化战役中中流矢阵亡，[35]巡抚王元雅、总兵朱国彦自尽而死。后金军越过蓟州往西，直逼京城，袁崇焕忙率兵护卫京师。朱由检召见袁崇焕，赏赐御用酒菜及貂裘慰劳袁崇焕，袁崇焕以兵马长途奔波，疲惫不已，请求入城休整，但遭到拒绝。于是袁崇焕驻军城外，与后金军鏖战，互有胜负。[36]袁崇焕令戴承恩在广渠门列阵，祖大寿于南面列阵，王承胤在西北列阵，袁崇焕在西面列阵以备战，中午时刻，清骑兵从东南面进攻，祖大寿率兵奋力接战，而王承胤却拔阵向南避战。后金军力战祖大寿不下，于是撤退，明将刘应国、罗景荣等人率兵进行追击，杀伤后金军千余人，而明军死伤也很多。收兵后，朱由检用酒食犒赏军队。[37]袁崇焕有派遣任守忠率领五百人用火炮轰打金营，后金军撤退，京都之威遂解。[38]
下狱处死
但后金军退兵后，袁崇焕却被治罪。当初后金军进入的关口是属于蓟辽总理刘策所管辖，而袁崇焕得知后金军入关，直逼京城，于是千里迢迢赶来救援，自认为有功无罪，但是朝中大臣却有很多人认为是袁崇焕放清兵入关，于是纷纷诽谤袁崇焕与后金军有勾结，朱由检对此也很怀疑。此时后金军也设计离间，说袁崇焕与后金军有秘密约定。十二月，朱由检将袁崇焕下狱。[39]
魏忠贤遗党王永光、高捷、袁弘勋、史褷等人想趁机给魏忠贤报仇，以擅自与后金军议和、擅杀毛文龙两条罪名定袁崇焕死罪，崇祯三年（1630年）八月，袁崇焕被凌迟处死，家人被流徙三千里，并抄没家产。
袁崇焕的事迹、评论几百年来一直争论不休，正如孟森在《明本兵梁廷栋请斩袁崇焕原疏附跋》中提及，明末时期历史记载十分混乱，即使是与其耳目相关的人，其恩怨纠葛也尤其复杂。其中，主要争议的集中点是袁崇焕杀死毛文龙、是否背叛明朝政府等。
被称为明末清初五大学者之一的朱舜水参加过“反清复明”的活动，在他的著作《朱舜水集》里，将袁崇焕称为“卖国贼”，[62]明末将领徐石麒也认为，袁崇焕表面上主战，而实际上是想主和，甚至以擒杀毛文龙的方式取信于清廷。[63]清朝学士张廷玉在撰写《明史》时认为袁崇焕杀毛文龙是“妄杀”，计六奇在《明季北略》里认为袁崇焕虽然死的冤，但是他列十二条罪状杀毛文龙，如同秦桧以十二道金牌杀岳飞一样。[64]
清乾隆皇帝觉得袁崇焕的死值得怜悯，民国初年，梁启超在《袁崇焕传》中对袁崇焕大加赞赏，认为他是能影响国家安危、民族兴亡的人。1952年，北京市进行大规模的改造城市建设时，叶恭绰等联名上□□，请求保护袁墓，□□在回复中称袁崇焕为“明末爱国领袖”。
袁崇焕因为行事作风的问题，曾经让器重他的孙承宗大为震怒，[65]擒杀毛文龙也是袁崇焕擅自主张。他的同事王在晋认为袁崇焕虽然死于国法，但是他的功劳不可淹没，[66]但同时，他也认为袁崇焕的死是自取灭亡。[67]
《剑桥中国明代史》称：“他（崇祯皇帝）相信了谣言，于1630年9月22日在北京杀了他最有才能的将领袁崇焕。”