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贤、成国公朱纯臣相继派人说和也没有用，根本不给京师勋贵武臣一点面子，限定的最后期限一过，立马提笔给皇帝上了密折，说明了实情。
对京营的情况，朱大明有心理准备，所以并没有太意外。而这也的确是整顿京营的一个契机，只是京营牵扯了太多勋贵武臣，轻易不能擅动，英国公张惟贤总督京师三大营，而成国公朱纯臣提督五军营，丰城侯李承祚提督三千营，新乐侯刘效祖与总兵朱国彦共掌神机营。
其中除了丰城侯李承祚涉魏党被抓以外，其他的都不能重处。尤其新乐侯刘效祖，他是崇祯皇帝生母刘氏的亲弟弟，也就是崇祯皇帝的亲舅舅，其子刘文炳后来继承了新乐侯的爵位，崇祯死后，刘文炳与巩永固受命护送崇祯皇帝的太子出城，结果失败，全家殉节而死。所以接到文震孟的密折之后，朱大明想来想去，最后决定把三千营的责任归咎于丰城侯李承祚，以勾结魏逆、欺君罔上、贪墨军饷之罪，将其抄家斩首，家人流放云南；将五军营、神机营的责任归咎于之前的监军内臣和坐营中官，共十二人，一律抄家斩首，并下旨申斥英国公张惟贤、成国公朱纯臣和新乐侯刘效祖，一律罚俸一年。
对于文震孟密折里请示剩余饷银如何处置的问题，朱大明则在给文震孟的旨意中，令他用剩余的饷银重新招募一万八千人，从三大营选官训练三个月，然后以一万五千人充实三大营，再以三千人新建一个监军标营，由监军御史直领，免得监军御史说话没有分量。
与文震孟看到的情况大同小异，带着尚方剑的倪元璐、施邦曜，分别到达任所之后，也是采取逐营发饷、逐人发饷的办法，经过半个月的辛劳，终于摸清了宣府和蓟镇的情况，空饷的问题当然存在，但是要比京营好一点，空饷的额度都在两成左右，而这些空饷倒也不是纯粹贪污挥霍了，而是用来养家丁。
营兵是朝廷的，而家丁是自己的，所以多数边镇将领喜欢把更多的军饷挪用过来养家丁，这也是边镇普遍存在空饷问题的原因。好在这些家丁将来还是要上阵的，很多家丁队伍到了关键时刻还能发挥重要的作用。这一点与京营比显然要好一点，因为京营的空饷，就是将领纯粹的贪墨，他们不需要像边镇将领那样养家丁战场保命。
但是即便算上了将领的家丁，宣府和蓟镇也还是有空饷，倪元璐核算之后密折上报宣府镇营兵兼卫所兵实有员额一万七千人，空饷三千人。
施邦曜所在的蓟镇三屯营、建昌营营兵兼卫所兵实有一万六千人，空饷四千人。对于这个空饷的比例，朱大明其实还算是满意的，至少与当初核实上报的差距只有两成左右，还不像后来那样离谱。
但是该处理的人员还是要处理的，而且考虑到两年后应对建虏的入侵，也有必要趁机清理掉一批不太可靠的将领，宣府镇总兵侯世禄和蓟镇三屯营总兵刘策还算尽责，而宣府副总兵张承荫、三屯营副总兵朱来，却不敢死战，在面对建虏大军的时候一降一逃，这样的人留着也是祸害。
朱大明很快就把倪元璐和施邦曜的密折转给了军机处，张惟贤知道皇帝对军务的重视，所以很快就做出了处理，参照京营的做法，监军太监和坐营中官一律以欺君之罪处斩。与京营不同的是，根据皇帝的意思，宣府和蓟镇的副总兵张承荫、朱来同样抄家处斩，张承荫的副总兵之位由宣府守备邓祖禹升任，朱来的副总兵之位则由蓟州镇原参将孙祖寿升任。
之所以升邓祖禹和孙祖寿的官，并不是他俩有多优秀，只是因为在军机处会同兵部报上来的候选名单里，这两个人是朱大明在后世读明史的时候就知道的。
邓祖禹是万历年间的武进士出身，万历年末天启初曾在沈阳任守备，在出城激战的过程中被击落马下，攻守双方都以为他死了，结果只是昏迷，等他醒来的时候沈阳城已经沦陷，无奈逃归，先是论罪处死，后来知道内情的官员上书施救，被改为宣府守备至今，再后来与入侵的后金军激战，因公升任宣府副总兵，最后在与流贼作战中被俘，不屈而死。至于孙祖寿，朱大明了解的不多，只知道他在崇祯二年后金入侵的过程中，跟随满桂在德胜门外一起战死。
宣府和蓟州两个边镇虚报兵员冒领军饷的问题，最后该杀的杀、该罚的罚，数日之内就了结了。这就是有了密折和军机处的好处，不需要上朝会议论来议论去，让懂军事的管军事、懂政务的管政务，这样一份工少了扯皮，多了效率。而且军机处以军法论罪，根本不走刑部、督察院、大理寺这个司法系统。惟一主管军法的前后左右中五军都督府，又是军机大臣兼着大都督，所以效率就更高了。
当然了，追究责任的事情结束之后，朱大明也分别给倪元璐和施邦曜一道旨意，与给文震孟的旨意基本一样，都是准许他们拿着剩余的饷银，每镇以三千为定额，就地募兵，抽调所在边镇将校，编练监军直领标营。军机处将皇帝的旨意转发九边，整个九边都是一震，那些虚报冒领额度较少的还好，空饷额度较高而且监军御史还未到达的，都是赶紧募兵填补，希望躲过这一劫。
而那些监军御史已到，兵员尚未补充的边镇，比如山海镇、辽东镇、东江镇、大同镇，则是忐忑不安地等待着监军御史的点验，等待着皇帝的怒火和军机处的处置。