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然而他们的动作很快就被发现了，于是天堂也发现了庇护所世界，他们主动联系到了庇护所世界的凡人，并且也如同地狱一般创办宗教，从此，天堂和地狱之间的战争便从他们自身转移到了人类身上来进行，他们操纵着各自的教众开始了漫长的战争，这场战争被后人称为“原罪之战”。是的，双方操纵着人类来争夺世界之石，却将战争的罪恶加诸在了人类身上。
战争进行到后期，曾经被流放的恶魔莉莉丝终于摆脱了虚空的束缚，回到圣休亚瑞大陆之后，她发现了庇护所世界如今的情况，于是她便**了一个名为伍迪西安的凡人，并激发了他体内的奈法兰力量，企图借他之手重新掌管圣休亚瑞大陆。
然而她的诡计被伍迪西安发现了，于是伍迪西安找到了伊纳琉斯，他们两人将莉莉丝再次流放，伊纳琉斯回到了天堂，而伍迪西安为了使自己的同胞们摆脱天堂与地狱的操控，选择了自我牺牲，他引爆了体内的全部力量，能量爆炸的光芒照亮了整个宇宙，从此天堂和地狱再也无法改变人类的意志了，原罪之战也因此结束。
“原罪之战”结束之后，天堂与地狱达成协议，地狱从此不再踏足庇护所世界，而天堂则必须交出伊纳琉斯。
达成协议后，憎恨魔神墨菲斯托折断了伊纳琉斯的光翼，割掉了他的眼皮，将他的四肢切掉，并吊在一个四面都是镜子的房间里，要让无法闭合眼睛的他每天都看到自己扭曲的身体，至于墨菲斯托为什么要如此折磨伊纳琉斯……那是因为墨菲斯托是魔女莉莉丝的父亲。
地狱方面在折磨伊纳琉斯，而天堂方面此时却在开会，这场被成为安格里斯会议的内容最主要是讨论是否摧毁庇护所世界，有人同意有人否决，争执不下的双方便决定投票表决。
希望天使奥利尔首先投了否决票，荣耀天使因普琉斯投了支持票，而睿智天使马瑟伊尔投了弃权票，命运天使伊斯瑞尔投了否决票，关键的一票就落在泰瑞尔手中。
所有天使都认为这个偏执的正义天使会投支持票，但泰瑞尔看到了伍迪西亚的无私牺牲，令他十分感动，最终他投了否决票。
庇护所世界虽然躲过了天堂的摧毁，却又迎来了地狱的窥视，墨菲斯托虽然嘴上跟天堂协议了不再踏足庇护所，但他毕竟本质是一个恶魔，恶魔又怎么会讲诚信呢？于是他便与他的两个兄弟开始密谋起如何神不知鬼不觉地潜入庇护所的方法来。
数百年后的一天，罪恶之王阿兹莫丹联合其他三大魔王开始发动了一场驱逐三大魔神的叛乱，于是三大魔神被他们从地狱放逐，不知所踪，然而这一切哪有表面上这么简单，这些都是三魔神的计谋。
三魔神通过这种方法成功的躲过了天堂的注意，偷偷地潜入了庇护所世界，结果让他们万万没想到的是，庇护所世界隔绝了地狱的力量，从而使得他们自身的力量得不到补充，结果三人被随后从天堂赶到庇护所的泰瑞尔所率领的赫拉迪姆法师们一一封印。
赫拉迪姆法师协会是“原罪之战”之后，人类为了保护庇护所世界所组建的一个组织，这个组织里的成员全都是人类最强大的法师，他们在泰瑞尔的的带领下，首先在库拉斯特地区用“灵魂之石”擒获了憎恨魔神墨菲斯托，并将他封印在崔凡克神庙之中。
随后毁灭魔神巴尔在鲁·高因地区被擒获，不过在战斗中用来封印巴尔的“灵魂之石”被他击中，这颗石头碎成了无数块，无奈，法师们只有拿着最大的那一块封印了巴尔。
为了防止巴尔逃脱，赫拉迪姆法师组织的首领塔·拉夏自愿牺牲自己，他命人建造了七座古墓，然后将自己用特制的锁链所在其中一座古墓的最深处，并让泰瑞尔将封印着巴尔的“灵魂之石”插入他的心脏，用自己的灵魂与巴尔进行永世的斗争。
而三魔神的最后一位迪亚波罗也在崔斯特瑞姆附近被抓到，法师们将他深埋在地下，并在其上建立了一座赫拉迪姆修道院。
又过了几百年之后，赫拉迪姆法师组织衰落，而人们也渐渐忘记了三大魔神的入侵，此时一位叫李奥瑞克的的领主来到崔斯特瑞姆自立为王，建立了李奥瑞克骑士王国，然而此时的恐惧魔神迪亚波罗却在曾经的赫拉迪姆修道院，如今的崔斯特瑞姆大教堂里苏醒了。
苏醒的迪亚波罗试图控制李奥瑞克，然而李奥瑞克的意志力十分顽强，使得迪亚波罗无法控制他，但他也被迪亚波罗的意志给折磨得变成了一个疯子，最后被骑士领主拉克达南杀死，而迪亚波罗转而退其次的控制了李奥瑞克的二儿子，随后被大主教拉扎勒斯放了出来。
而就在此时，李奥瑞克的大儿子艾丹王子却及时赶了回来，再度封印了迪亚波罗，随后将他的“灵魂之石”嵌入了自己的额头之中，企图用自己的灵魂来杀死迪亚波罗的灵魂。
然而他太小看魔神的力量了，最后他被迪亚波罗控制，化为了黑暗漫游者，一路向东释放了自己的两位兄长。
然而于此同时，七位不同职业的英雄来到了因崔斯特瑞姆被毁而刚刚建立的萝格营地，他们一路追寻着黑暗漫游者的脚步。
最后在地狱熔炉中摧毁了封印着墨菲斯托灵魂的“灵魂之石”，重新封印了暗黑破坏神，并在亚瑞特山顶的世界之石要塞中击败了破坏魔神巴尔，最终在泰瑞尔的帮助下摧毁了被巴尔污染了的世界之石……