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seele在死海西北基伯昆兰旷野的山洞内发现了死海文书。
死海文书中大部分的内容，都是对古代文明的记述，但却也有至今无法完整解读的部分，那便是《里.死海文书》，死海文书真正的秘密。
利用《里.死海文书》，seele有了剧本，企图发动第三次冲击，将灵魂融合，回到生命之树内，从而实现人类的内心融合，整体进化。
EVA机体，是为了消灭被称为“使徒”的迷之生命体，所被制造出来的“泛用人型决战兵器”。
人类复制了称作为亚当或莉莉丝的“生命起源”所制作出的巨大生命体，在此之上覆盖了装甲板以及拘束锁等制作成为人型。
面对使用A.T力场的使徒，它们是能够保护人类的唯一手段。
为了保护人来，也为了实现内心不可告人的目的，在世界各地，seele展开了自己的行动。利用手中掌握的《里.死海文书》，与间谍组织NERV，让故事在这一刻开始。
2004年，EVA当时的实验进行到了最关键的一步。
碇唯，作为当时计划的执行者与参与者，消失在了EVA初号机内。
之后NERV日本分部与EVA的建造，逐渐淡出了人们的视野，直到公元2015年，不明生命体出现，对日本发起了进攻。
那是一切在现代的起源，也是整个故事的开始。
“嗡！”
永久冻土之内，红色的十字光芒，冲天而起。
“失误啊！”不远处，一架通体雪白，伏在地上，如同与雪地成了一体的巨大机体内，吴浩明感受着被侵蚀的很严重的手，却仍旧慢慢的退后着。
在十字光芒的中心，是一个很奇怪的巨大生物。
它的上半身和一条尾巴，都像是完全的骨头，身体中央是类似金属的组成部分，脚则是一些节肢动物的多足。
血色十字像气浪，包围了它，高温融化了冻土，露出了下面灰色的土层。
一颗血红的球状物，在巨大生物的身体中不住的跳动着，好像企图离开它的身体一般。
“嗡！”
又是一道血红十字爆发，与此同时，巨大生物体内的球状物，“噗”地破碎。
红色如血液般的液体，迅速的化成一条灰色的丝带，将使徒包裹在里面，连同血红十字，一同消失不见。
到手了，退后出了一段距离后，白色的身影站了起来，快速跑向永久冻土西面一片温度相对较高的雪山。
巨大身影的左手，正握着一颗约有篮球大小的红色球体，手掌被这球体内释放出的力量侵蚀，装甲已经完全破碎。
EVA，全称，泛用人型决战兵器。
它使用亚当，或莉莉丝的细胞作为肉体结构，外部搭载特殊材料制造的装甲。
用插入栓的方式进行控制，就能达到作为兵器使用的目的。
EVA结合了生物科技与金属钢铁，是人类制造出最灵活强大的武器。
它几乎具备了人类所有的特性，因为驾驶者就是人类，同时又拥有一些特殊的能力。