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朝规定上级官员、太监、举人以上功名学子的商船是免税的，所以就诞生了一个热门的逃钞关法子，就是寻常商船只需要挂着官员、太监的牌子，或是请一，两个举人上船，便能不花一两银子过了钞关。当然，商船给这些官员、太监，还有举人的银子是少不了的。
所以照方原估计，单是钞关这一项税收，崇祯年间实收的钞关费是三、四十万两左右的银子，真要如实收齐了，至少也能有三百万银子。中间近九成的差额，就是类似于西门庆、官员、太监、考了功名的读书人这帮人勾结起来大肆侵吞国家税收的额度。
矿税问题
矿税问题是明朝的老大难问题，万历年间就曾闹得沸沸扬扬。
明朝政府明令禁止私人开矿，但私矿却在明朝长期、半公开的存在。私矿的收入，也是一笔公开的灰色收入，尽数到了富商、还有地方监督官员的腰包里。
到了万历年间，因国库开支入不敷出，万历皇帝也关注到矿税这块大肥肉，开征矿税来充盈国库。
万历皇帝开征矿税的行为，和穿越前的嫖娼合法化一样，以国家名义来收税，自然就打破了灰色收入存在的土壤，严重损坏既得利益集团的利益。
其中就包括了开私矿的富商，还有从中收取黑钱的官员。
无论是代表士绅、富商的东林党，还是代表皇帝监督、巡抚地方的阉党，态度出奇的一致，集体反对万历开征矿税。
万历皇帝为了征收矿税，和朝中群臣，还有司礼监太监闹得是鸡飞狗跳，幸好万历算是态度强硬，将矿税的征收坚持了下来。
但自万历皇帝死后，经过东林党人所谓轰轰烈烈的‘保国本’运动，保住的那个逗逼太子朱常洛，即位只有一个月就死了。
但是在这一个月里，这个明光宗除了如饥似渴的玩宫女，投桃报李的提拔了一堆被万历打压的东林党官员，就干了一件正事，就是取消了万历皇帝强硬坚持征收的矿税。
从此以后，矿税就被彻底取消，灰色收入继续回到了富商、监督官员的手中，无论是天启，还是崇祯，都没能再次将这个矿税，提上过收税流程。
重新征收矿税，那是事关国计民生的大事，牵涉的利益关联方多如牛毛，绝不是方原拍拍脑袋就能做主的。既然连万历、天启、崇祯都搞不定的难题，方原一时间其实也想不到法子，只能走一步看一步。
市舶税的问题
所谓市舶税，就是海洋贸易税。大明的海洋贸易非常发达，据统计，通过海洋对外贸易，总共流入大明的银子，达到数亿两之多。明朝还专门设置了市舶司来进行市舶税这块的管理。
但因为海洋贸易走私现象普遍存在，市舶司的课税对象十分稀少，海外流入大明的巨额银子，绝大部分落入了走私海商的手中，造成政府税收严重流失。
其中最大的走私海商、海盗，就是盘踞在浙江、福建一代，打着大明旗号，干着走私勾当的大海商郑芝龙。这个郑芝龙常年勾结佛朗机商会、荷兰人，倭人进行走私活动，带甲十万，战舰上千艘，舰队火炮十分的精良。
论海战实力，郑芝龙的舰队远胜明朝、朝鲜、倭国的水师，绝对是东方第一舰队，比之当年西班牙纵横大航海时代的无敌舰队，也不遑多让，还曾经全歼了明朝的福建水师。
郑芝龙招安后，名义上是福建都督同知，其实早已是浙江、福建二省的实际控制者，官府根本不敢干涉他的任何行动，相反为了买得平安，还不得不对郑芝龙卖力讨好。
方原和众人整理了四种税收的来龙去脉，要一篮子解决这四种税收难题绝不可能，只能逐一解决。
根据难易程度，紧要程度，方原制定了依次解决四种税收的顺序，最先是田赋，这种税在官府是有案可查的，更关系到收拢江南百姓的民心，必须提到首位来解决；
其次是商税，这种税紧要程度要小于田赋，但却是块大肥肉，就放在第二位；
其三是矿税，这种税解决起来非常困难，而且牵一发而动全身，只能走一步看一步，排在第三；
最后是市舶税，这种税是个天文数字，真要能收齐了，能解决明朝至少百年的长治久安。但要整治这种税，其实是难于登天，难度绝不亚于与满清的全面战争。
必然要面对海商走私集团的龙头-郑芝龙，还有荷兰、葡萄牙等佛朗机商会的全面反弹，没有一支强大，对郑芝龙，佛朗机人具有威慑力的水师，贸然去动这块税收，招惹得大海商郑芝龙，还有佛朗机人率水师打上门来，就是自取其辱。
所谓三年陆军，十年空军，百年海军，打造一支强大的海军舰队，所需要花费的银子那是个天文数字，需要的人力、物力更是不计其数，短时间是根本不用指望。